航院每年都组织丰富多彩的学术、科技以及文体活动，让学生充分展示自己各方面的综合素质。研究生会每年组织的博士生论坛，邀请了大量校内外的博导、专家和同学们共同参与，研究生们的学术交流能力得到了很好的锻炼。

2008年10月，受教育部和校研究生院委托，航院研究生承办了首届力学学科国际博士生论坛。学生科协举办的飞行器创意设计大赛已历五届，逐步发展成为清华大学重要的科技创新品牌活动之一。以航院同学为主的航模队在2007年全国高校航模比赛中荣获一项冠军，本科生队员李干同学被评为首届清华大学“科创之星”（全校共10人）。目前航院已经建成学生航空创新实践基地和小卫星创新实践基地，对航空航天感兴趣的同学在其中施展自己的才华。2007年的“一二九”合唱比赛中，航院本科生和研究生团队双双获得一等奖。航院男子足球队连续获得2006、2007年清华大学足球甲组比赛亚军。

研究生党团班共建效果良好，涌现出一大批优秀的集体和个人。航博143获得清华大学“先进集体”称号，航博141、航硕152获得清华大学研究生“先进集体”称号，航博143、航博141、航硕152获得校级“甲级团支部”称号。刘丝丝获得北京市“先锋杯”优秀团员称号。

2016年博士生社会实践再次获得佳绩，航院连续两年获得优秀组织工作一等奖，二十九人获得校级个人荣誉。志愿活动持续升温，夏各庄支教等志愿活动深受大家欢迎，航院研究生团总支获得清华大学“十佳志愿者”支队称号。航院研究生会作为唯一主办方首次举办“缘聚清华”十大院系研究生迎新晚会。“马约翰杯”甲组女子蛙泳亚军。研究生运动会甲组拔河比赛亚军、1500米冠军。

航院有较为完备的学生荣誉体系，每年获得奖学金的学生人数约30%，生活困难学生也可以获得较高额度的助学金资助，“绝不让一个勤奋而有才华的学生因为经济困难而辍学”。