目前航天航空学院下设工程力学系、航空宇航工程系、宇航技术研究中心和航空技术研究中心。
    工程力学系下设4个研究所,分别为固体力学研究所、流体力学研究所、工程热物理研究所和生物力学与医学工程研究所。
    航空宇航工程系下设5个研究所,分别为工程动力学研究所、飞行器设计研究所、推进与动力技术研究所、人机与环境工程研究所和空天信息技术研究所。